海外における予測微生物学モデル

2．増殖／死滅曲線フィッティングツール

予測微生物学を利用するなかで，頻繁に用いるものとして，実験データの解析がある。例えば，増殖曲線を解析する，あるいは死滅曲線の解析がある。これらの解析は，解析者の保有するソフトウェア等でも解析可能であるが，初学者にとっては少なからず困難を伴うものである。そのような初学者らの解析支援のためのツールとして，いくつかの曲線フィッティングツールが公開され，提供されている。ここでは代表的なものをいくつか紹介する。

1）ComBase (http://www.combase.cc/)

増殖あるいは死滅挙動データに対して，Baranyi モデルを基本式としてフィッティングすることができる。最大比増殖速度，誘導期，最大菌数を推定することができる。Webブラウザ上でデータを入力して，結果を得ることができる。

2）Integrated Pathogen Modeling Program (IPMP 2013)

米国農務省農業研究所が開発した元祖予測微生物学ツールのWeb版として，機能を拡充して2013年より公開されている。細菌の増殖試験データに増殖曲線をフィッティングさせる機能を有する。増殖の基本式にはHung の独自に開発した増殖式の他に，Baranyiモデル，Gompertzモデル，Buchananモデル選択して用いることができる。最大比増殖速度，誘導期，最大菌数を推定することができる。

3）Sym’Previus (http://www.symprevius.org)

Sym’Previus はデータベースとしての機能の他にも，実験データの解析モジュールが用意されている。その機能の中の一つとして，細菌の増殖試験データに増殖曲線をフィッティングさせる機能がある。本ツールはウェブ上で実行するものである。ただし，有償である。

4）GInaFiT（http://cit.kuleuven.be/biotec/ginafit.php）

GinaFit は各種の死滅実験データに死滅曲線を当てはめることができ，最適な死滅曲線を選択することができる。Excel へのアドインソフトウェアで無償で利用できる。特に，非線形な死滅挙動へのフィッティングツールとして非常に有用なものである。